Peter Watkins est né en Angleterre en 1935. Dans les années 1950, il a fait des études de théâtre à la Royal Academy of Dramatic Art ; ensuite il a décidé de devenir cinéaste. Travaillant avec des acteurs non-professionnels, il a fait plusieurs films pacifistes, dont The Diary of an Unknown Soldier (1959) et The Forgotten Faces (1960) ; ce dernier est une reconstruction, tournée en Angleterre, de la révolte hongroise de 1956. Certains de ces premiers films ont remporté des prix nationaux du cinéma amateur, et ont été télévisés sur la BBC au début des années 1960.
Watkins a été engagé par la BBC en 1963 comme assistant de production ; dix-huit mois plus tard, il a réalisé son premier téléfilm professionnel, une reconstruction de la bataille sanglante livrée en écosse en 1746 entre les forces du gouvernement et les clans rebelles des Highlands, menés par "Bonnie Prince Charlie". Par la suite, Culloden (1964) a gagné de nombreux prix, et a été projeté partout dans le monde. Ce film, tourné lui aussi avec des acteurs non-professionnels, représentait une nouvelle manière de montrer des événements historiques, basée sur un mélange stylistique novateur du documentaire et du dramatique.
Le film suivant de Watkins, The War Game (1965), montre les horreurs d'une attaque nucléaire contre la Grande-Bretagne. La suppression de ce film par la BBC a provoqué un scandale important, et une polémique au Parlement britannique. Le film a remporté l'Oscar américain du meilleur documentaire en 1966, la BBC a empêché The War Game de passer à la télévision, dans quelque pays que ce soit, pendant 20 ans. Elle prétendait, entre autres, que le film était une expérience télévisuelle ratée.
En 1966, Watkins a fait son premier long métrage, Privilege, une allégorie sur la manière dont les mass-médias, l'industrie de la musique pop et l'establishment britannique concourent à détourner l'énergie politique des jeunes. Watkins a quitté la Grande-Bretagne en 1968, d'abord pour s'installer en Suède avec sa famille. Il y a fait son deuxième long métrage, The Gladiators ; c'est lui aussi un film pacifiste, tourné cette fois-ci avec des acteurs de divers pays. En 1970, il tourne Punishment Park aux Etats-Unis ; une allégorie politique, ce film dénonce la politique intérieure répressive du président Richard Nixon. Encore une fois, la presse s'est déchaînée contre le film, et celui-ci a été retiré des cinémas quatre jours après sa première à New York.
Depuis lors, malgré des projections internationales un peu partout, ce film n'est jamais passé aux Etats-Unis, que ce soit à la télévision ou au cinéma. Ensuite, Watkins s'est installé en Norvège, où il réalise un film biographique de trois heures sur Edvard Munch, peintre expressionniste norvégien. Edvard Munch (1973) est un des films les plus connus de Watkins, et il est passé à l'écran dans de nombreux pays. Il a été suivi par The Seventies People (1974) et Evening Land (1976), deux longs métrages produits au Danemark. Chacun a un argument social : le premier traite du nombre élevé de suicides parmi les jeunes danois ; dans le second, il s'agit de grèves, de terrorisme et des tactiques répressives de la police danoise. La presse scandinave a attaqué les deux films, et ni l'un ni l'autre n'a été projeté depuis.
En 1978 et 1979, avec des amis en Australie, Watkins a participé à la création d'une association à Sydney. "The People's Commission" contestait le rôle centralisé de la presse et de l'audiovisuel, montait des expositions d'analyses des médias, et a organisé, en collaboration avec d'autres associations, un grand débat public à la mairie de Sydney. En 1979, l'Institut Suédois du Cinéma et la télévision suédoise a passé commande à Watkins pour un long métrage sur la vie et l'œuvre de l'auteur dramatique August Strindberg. Après avoir passé deux ans et demi à faire des recherches et à écrire, Watkins leur a présenté un scénario, mais le film a été annulé. En 1983, Watkins a reçu le soutien d'un important mouvement suédois pour la paix, pour le financement international d'un film pacifiste international. The Journey (1983-86) a été tourné en douze pays, et financé entièrement par le public. Ce film, qui dure 14 heures et demie, critique le rôle des mass-médias dans la course aux armements mondiale. Toutes les organisations télévisuelles publiques auxquelles le cinéaste s'est adressé ont refusé de le téléviser.
En 1992, Watkins a enfin tourné son film sur August Strindberg, dans le cadre d'un cours de production vidéo qu'il donnait au lycée Folk, près de Stockholm. The Freethinker (4h35, divisée en trois parties) a été refusé par toutes les principales chaînes de télévision nordiques, et a pratiquement été boycotté en Suède, y compris par le système éducatif. En 1994, à cause de la marginalisation de plus en plus marquée de ses travaux de cinéaste et de critique des médias, Watkins s'est retiré du cinéma et de la télévision, et s'est installé à Vilnius en Lithuanie, avec sa femme canadienne-lithuanienne Vida Urbonavièius. En 1999, Watkins a temporairement repris ses activités de cinéaste pour faire La Commune, film qui traite des événements de la Commune de Paris de 1871.
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