Après des études aux Beaux-Arts de Bordeaux, Sébastien Betbeder intègre le Fresnoy, Studio National des Arts Contemporains. Il réalise ensuite plusieurs films courts (Les Mains d'Andrea, Nu devant un fantôme), puis un premier long-métrage d'inspiration fantastique, Nuage présenté au Festival de Locarno et sorti en salle en 2007. Suivent Les Nuits avec Théodore (sélectionné à Toronto, Prix FIPRESCI au Festival de San Francisco) et 2 automnes 3 hivers (sélection ACID au festival de Cannes 2013, Prix spécial du jury au festival de Turin), une dramédie qui suit le parcours de trentenaires en prise avec les préoccupations de l'époque. Le film sera distribué dans plus de dix pays.
En 2014, il réalise Inupiluk (Prix Jean Vigo du court-métrage, Prix du public au Festival de Clermont-Ferrand) et Le Film que nous tournerons au Groenland qui inaugurent ce qui donnera lieu à une trilogie groenlandaise dont Le Voyage au Groenland, long-métrage tourné au cours de l'année 2015, en constitue le dernier volet. Le film présenté pour la première fois à Cannes en mai 2016, dans la programmation de l'ACID, s'est vu décerné une mention spéciale du jury au Festival International du Film Francophone de Namur. Sorti en salle en avril de la même année, le 4e long-métrage de Sébastien Betbeder Marie et les naufragés met en scène Pierre Rochefort, Eric Cantona, Vimala Pons, Damien Chapelle, André Wilms, Emmanuelle Riva, dans une comédie résolument littéraire. Sébastien Betbeder écrit également des fictions radiophoniques pour France Culture.
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