Né en 1965, Eric Khoo s'intéresse très tôt au cinéma, et tourne dès huit ans des petits films avec la caméra super 8 de sa mère. Il part ensuite étudier à la City Art Institute de Sydney, en Australie. De retour à Singapour en 1990, il réalise un court-métrage Barbie digs Joe qui devient le premier film de Singapour à être montré dans les festivals internationaux. Puis il filme August, qui remporte le prix du meilleur court métrage au Festival international de Singapour. Il tournera ensuite Carcass, Symphony 92.4 et Pain.
En 1995, il réalise son premier long métrage Mee Pok Man, qui lui apporte une vraie reconnaissance. En 1997, son deuxième film 12 Storeys est unanimement apprécié par la critique, il remporte de nombreuses récompenses (notamment The Golden Mile Award for Best Picture au 17éme Festival International du Film de Hawaï) et devient le premier film singapourien jamais montré à Cannes. En 2005 il réalise Be with me, qui fait l'ouverture de la Quinzaine des Réalisateurs et remporte plusieurs prix dans les festivals de Turin (meilleur réalisateur), Flandres (meilleur Scénario) et Stockholm (Prix de la critique internationale). En 2006, Eric Khoo a été invité au Festival du film numérique à Jeonju en Corée pour y mettre en scène No Day Off, l'histoire d'une femme de ménage indonésienne. En 2008, il a été fait Chevalier de l'Ordre des Arts et des Lettres par le Ministre Français de la Culture, suite à la présentation en Compétition Officielle au Festival de Cannes de son film My Magic, où il reviendra en 2011 avec son film d'animation Tatsumi (sélection «Un Certain Regard»).
En 2015, il présente Hotel Singapura au Festival de Toronto.Il a reçu la plus grande distinction décernée par le gouvernement de Singapour pour son travail dans le cinéma et sa contribution à la vie culturelle du pays: la Médaille de la Culture, remise par le président. Eric Khoo fut également membre du conseil d'administration de la New York University Tisch School of the Arts Asia. Eric Khoo dirige sa propre société de production, Zhao Wei Films, avec laquelle il a produit Apprentice.
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