Molly Thompson a créé et dirige A & E IndieFilms, le département longs métrages documentaires du réseau A & E. Elle se charge de la production exécutive des productions originales du département, tells que JESUS CAMP, un film de Heidi Ewing et Rachel Grady qui a été nommé à l'Oscar, ou AMERICAN TEEN, un film de Nanette Burstein qui a obtenu le Prix de la meilleure réalisation à Sundance en 2008. Parmi les autres productions A&E IndieFilms figurent MURDERBALL d'Henry Alex Rubin et Dana Adam Shapiro, nommé à l'Oscar et primé à Sundance, et MY KID COULD PAINT THAT d'Amir Bar-Lev. Outre THE SEPTEMBER ISSUE, les projets actuels de Molly Thompson comptent un film sur Pat Tillman réalisé par Amir Bar-Lev
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