Johannes Holzhausen est né en 1960 à Salzbourg. Il suit des études d'Histoire de l'Art à l'Université de Vienne. Pendant son cursus, il organise une série de conférences intitulées « Art et Conceptions de l'Art », mettant en avant de célèbres théoriciens et historiens d'art ; il participe également au projet « WOPA Bank ». De 1987 à 1995, il étudie à la Vienna Film Academy où il réalise son premier documentaire, Aimés des dieux, chaleureusement accueilli dans de nombreux festivals. Après l'obtention de son diplôme universitaire, il passe 5 ans sur son documentaire Auf allen Meeren (On the Seven Seas) sur un transporteur aérien soviétique.
Le documentaire est projeté en avant-première dans la section Forum de la Berlinale en 2002. En 2000, en réponse au gouvernement autrichien, il réalise le film Zero Crossing sur la situation politique de son pays. Il réalise ensuite le documentaire Frauentag. Depuis 1996, il est également co-fondateur et associé de la société de production Navigator Film, basée à Vienne.
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